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FESIT presenta el Caso Nº2: La ineficiencia fiscal que urge la unificación de Instituciones Recaudadoras

05 enero, 2026

El informe detalla cómo una empresa, tras recibir una condonación del SII, sufrió la retención de sus fondos por parte de la Tesorería sin que se respetara dicho beneficio.

FESIT, 5 de enero de 2026.- En el marco, del Catálogo de Vulneración de Derecho de los Contribuyentes, la Fundación de Estudios Sistémicos Tributarios (FESIT), presentó el Caso N°2:  Necesidad de coordinar o unificar SII / Aduanas / TGR. Ineficiencia en el actuar de la autoridad fiscal, que afecta devoluciones oportunas de impuestos.

El Caso describe una ineficiencia crítica en el actuar de la autoridad fiscal. El informe detalla cómo una empresa, tras recibir una condonación del SII, sufrió la retención de sus fondos por parte de la Tesorería sin que se respetara dicho beneficio.

Caso Nº2: Urge Unificar el Sistema Fiscal

Este caso judicial expone una ineficiencia en el actuar de la autoridad fiscal que afecta directamente las devoluciones oportunas de impuestos. La falta de comunicación entre el Servicio de Impuestos Internos (SII) y la Tesorería General de la República (TGR) obligó a una contribuyente a recurrir a la justicia para proteger sus derechos constitucionales.

El conflicto escaló cuando la TGR realizó una compensación de oficio por $518.641.866.- sin aplicar una condonación del 98% otorgada previamente por el SII, debido a que la deuda no estaba actualizada en el sistema de Tesorería. Pese a que el SII emitió una nueva condonación del 85% en febrero, la TGR se negó a validarla sobre el monto ya compensado, bajo el argumento de que el beneficio solo aplicaba para «pagos voluntarios». Ante esta traba administrativa, la empresa pagó la diferencia bajo protesta para evitar recargos, generando un excedente de $143.069.648.- que el organismo se rehusó a devolver, forzando un doble pago injustificado

El Fallo

La justicia determinó que la compensación administrativa es un modo legal de extinguir deudas que equivale al pago. La Corte subrayó que la condonación del SII tiene efectos retroactivos y que la Tesorería incurrió en una ilegalidad al violentar el artículo 1656 del Código Civil, el cual establece que la compensación opera por el solo ministerio de la ley.

El tribunal calificó como un abuso de poder el obligar al contribuyente a pagar dos veces un mismo tributo para luego forzarlo a solicitar una devolución, concluyendo que desconocer los beneficios otorgados por el organismo girador «tuerce los efectos naturales de la ley» y vulnera garantías constitucionales.

Leer Caso N°2: